Довідка користувача

PDB Viewer — веб-застосунок для перегляду тривимірних структур білків у форматі .pdb та обчислення кутів між трьома обраними атомами.

1. Завантаження структури

  1. Перейдіть на сторінку 3D переглядач.
  2. Натисніть «ЗАВАНТАЖИТИ .PDB» і оберіть файл з розширенням .pdb.
  3. Після парсингу з’явиться 3D-модель; координати центруються для зручного перегляду.

2. Вимірювання кута

  1. У списку атомів зліва послідовно оберіть три атоми (центральний — другий).
  2. Натисніть «ОБЧИСЛИТИ КУТ» — результат з’явиться у бічній панелі.
  3. Обертайте модель мишею; масштабуйте коліщатком прокрутки.

3. GC-вміст у R (Завдання 2)

  1. Перейдіть на сторінку GC · R.
  2. Сервер запустить R-скрипт viewer/r_scripts/gc_content.R через Rscript.
  3. Скрипт обчислює GC% для послідовності ATGCGCGATACGTAGC; очікуване значення — 56.25 %.

4. GC-вміст у Java (Завдання 3)

  1. Перейдіть на сторінку GC · JAVA.
  2. Сервер компілює viewer/java_bio/GCContent.java через javac, потім запускає через java GCContent.
  3. Програма обчислює GC% для послідовності ATGCGCGTATTA; очікуване значення — 41.67 %.

5. Підказки

Підтримуються стандартні PDB-файли з записами ATOM/HETATM. Якщо база даних недоступна, перегляд і розрахунок кутів працюють; збереження історії вимірювань може бути вимкнене.

← До 3D переглядача